Internship

Proposition de stage BioInformatique de 6 mois

Développement d’un nouvel algorithme pour la construction de voies métaboliques

Contact

lucas.marmiesse@imean-biotech.com , remi.peyraud@imean-biotech.com

Lieu

iMEAN, Toulouse (Ramonville Saint-Agne)

Durée du stage

6 mois

Gratification

1 000€ par mois ; Access subventionné à la cantine de l’INRA.

Contexte

La société iMEAN est une startup toulousaine de bio-informatique en forte croissance. Nous évoluons dans le domaine des biotechnologies. Dans ce cadre, nous avons développé un algorithme capable de construire des voies métaboliques nouvelles sans a priori à partir de la connaissance scientifique. Cet algorithme est basé sur la modélisation mathématique des réseaux métaboliques ainsi que sur l’intelligence artificielle.

Nous avons mis en place un projet consistant à développer la nouvelle version de cet algorithme afin d’améliorer sa performance.

Description du stage

Le/la stagiaire aura pour missions de :

  • développer la nouvelle version de notre algorithme de biologie synthétique.
  • implémenter cette méthode en JAVA en se basant sur les librairies déjà développées par iMEAN.
  • tester la méthode sur des exemples jouets, puis sur les données produites par les membres du projet.
  • produire une documentation pour les développeurs et les utilisateurs du programme .

Encadrement

Le stage se déroulera au sein de la société iMEAN. Il sera encadré par Lucas Marmiesse et Rémi Peyraud.

L’encadrement consiste en des échanges réguliers et une réunion hebdomadaire où l’encadrant discute des avancées du (de la) stagiaire, le (la) conseille dans ses choix techniques et le (la) guide réellement dans son apprentissage. Selon les compétences et les idées apportées par le (la) stagiaire, le déroulé du stage peut différer sensiblement de la description ci-dessus.

Compétences souhaitées

  1. Connaissances en programmation et de préférence JAVA
  2. Notions d’algorithmique (complexité, optimisation)
  3. Notions de base en biochimie
  4. Goût / curiosité pour la modélisation des réseaux biologiques
  5. Rigueur
  6. Travail en collaboration

Job reference

STBS20

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