Informations générales sur l’entreprise
iMEAN est une jeune start-up fournissant des services d’analyses in silico pour les entreprises de biotechnologies et pour la recherche académique grâce à la modélisation mathématique des organismes vivants. Un des domaines d’activité stratégique d’iMEAN est le soutient à la R&D des entreprises semencières. En associant biologie des systèmes et prédiction génomique nous développons une méthode innovante de sélection des plantes d’intérêt agronomique. Notre objectif est de prédire précisément des caractères agronomiques complexes, principal challenge dans la production de semences innovantes.
Description du stage
Intitulé
Amélioration des précisions de prédiction d’un modèle de sélection génomique grâce à la prise en compte de mécanismes biologiques.
Intégration du poste
Rattaché à la partie R&D biostatistique de iMEAN, vous aurez pour mission de développer une preuve de concept théorique pour une méthode de sélection génomique innovante.
Missions
La sélection génomique est un outil puissant pour prédire les phénotypes d’individus encore non observés sur la base d’un panel à la fois phénotypé et génotypé. Les modèles mixtes habituellement utilisés ne prennent pas en compte les mécanismes biologiques sous-jacents à la variation du caractère à prédire. Le but du projet de sélection génomique initié chez iMEAN est d’intégrer dans les modèles existants des connaissances a priori sur les marqueurs génétiques utilisés, afin d’améliorer la précision de prédiction des modèles existants.
Vos missions :
– Améliorer/Développer des scripts de simulation de données phénotypiques et génotypiques déjà mis en place, notamment afin qu’ils simulent des mécanismes biologiques.
– Tester différentes méthodes d’intégration d’informations biologiques dans les modèles linéaires mixtes utilisés. Ces modèles sont des modèles de type GBLUP, décrit par Van Raden en 2008 (« Efficient method to compute genomic predictions »).
– Analyser les résultats obtenus de manière à comparer les performances des différents modèles et/ou méthodes.
Informations sur le poste
Région : France, Occitanie, Haute – Garonne (31)
Lieu : 3 rue Arianne, 31420 Ramonville St Agne, bureau localisé au sein de Toulouse White Biotechnologie
Famille de métier : R&D – Rechercheen biostatistique; Type de contrat : Stage
Durée du contrat : 6 mois ; Temps de travail : Temps complet
Rémunération : 600 euros/mois (3.90 euros * 154 heures)
Profil du candidat
Vous êtes en formation de Master 2 Statistiques ou équivalent.
Vous avez une bonne maitrise du langage de programmation R. Votre connaissance des méthodes statistiques et spécialement du modèle linéaire mixte sera requise. La connaissance des principes de génétique quantitative sera grandement appréciée.
Des connaissances en agronomie seront un plus.
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Contact
Fanny Bonnafous – fanny.bonnafous@imean-biotech.com
